📄 علم الأحياء النظمية

The Female Biomarker Challenge: Sex-Specific Network Robustness Constrains Biological Age Estimation and Geroscience Trial Design

تُظهر هذه الدراسة أن متانة الشبكة الفسيولوجية الخاصة بكل جنس تستلزِم لوحات مؤشرات حيوية متميزة لتقدير العمر البيولوجي بدقة، كاشفةً أنه في حين يوفر الذكور الأكبر سناً حالياً النسبة المثلى بين الإشارة والضجيج لإجراء تجارب علوم الشيخوخة ذات التكلفة الفعالة، فإن تطوير لوحات خاصة بالإناث ومثبتة الصلاحية يمثل أولوية ملحة للتغلب على التحديات التي تفرضها المرونة الفسيولوجية الأكبر لدى الإناث.

Harding, A. S., Coward, J., Tian, T.2026-03-16
📄 علم الأحياء النظمية

Mathematical Modelling of the Mitochondrial Dicarboxylate Carrier (SLC25A10)

تقدم هذه الورقة أول نموذج رياضي مشتق ميكانيكياً ومتسق ديناميكياً حرارياً للناقل الميتوكوندري ثنائي الكربوكسيلات SLC25A10، استناداً إلى إطار عمل "بينج-بونج" والاستدلال البايزي، والذي يوضح كيف تنظم مورفولوجيا الميتوكوندريا والاضطرابات الأيضية، لا سيما في ظل نقص إنزيم نزع الهيدروجين من السكسينات (SDH)، تبادل الركائز والتعامل مع السكسينات.

Nashebi, R., Lyu, Y., Vera-Sigüenza, E., A. Tennant, D., Spill, F.2026-03-13
📄 علم الأحياء النظمية

1100 Synthetic Benchmark Problems for Dynamic Modeling of Cellular Processes

تقدم هذه الورقة مجموعة متاحة للجمهور من 1,100 مسألة اختبار معيارية اصطناعية مستمدة من 22 نموذجاً منشوراً لمعالجة ندرة مجموعات البيانات المنسقة جيداً، مما يتيح التقييم والتحسين المنهجي للخوارزميات الحسابية للنمذجة الديناميكية للعمليات الخلوية.

Neubrand, N., Rachel, T., Litwin, T., Timmer, J., Kreutz, C., Hess, M.2026-03-13
📄 علم الأحياء النظمية

Systems analysis reveals neuregulin-1 control of cardiomyocyte size and shape mediated by distinct PI3K and p38 pathways

من خلال دمج التنميط المورفولوجي عالي المحتوى، ومصفوفات البروتينات الفوسفورية، والنمذجة النظمية، تكشف هذه الدراسة أن النيوريجولين-1 يحفز بشكل فريد استطالة الخلايا العضلية القلبية وتوسع مساحتها من خلال مسارات إشارات متميزة لـ PI3K وp38، مما يقدم رؤى ميكانيكية جديدة لاستهداف إعادة التشكيل القلبي غير المتكيف بشكل انتقائي.

Luanpaisanon, P., Ryall, K. A., Tan, P. M., O'Hearn, J. J., Woo, L. A., Harris, B. N., Wissmann, B., Paap, A., Rhoads, M (…)2026-03-12
📄 علم الأحياء النظمية

Detecting and Subtyping Ketoacidosis from Metabolomic Patterns in Forensic Casework

تُظهر هذه الدراسة أن دمج علم الأيض ما بعد الوفاة مع تعلم الآلة في حالات جنائية سويدية حقيقية يتيح الكشف الدقيق عن الوفيات المرتبطة بالحماض الكيتوني وتصنيفها النوعي، محققاً دقة كشف تزيد عن 90% ودقة تصنيف نوعي تزيد عن 80%.

Monte, R. E. C., Magnusson, R., Söderberg, C., Green, H., Elmsjö, A., Nyman, E.2026-03-12
📄 علم الأحياء النظمية

GRNFormer: Accurate Gene Regulatory Network Inference Using Graph Transformer

يُعد GRNFormer إطار عمل محول رسومي (graph transformer) قابل للتعميم، يستنتج بدقة شبكات التنظيم الجيني من بيانات النسخ المتماثل أحادي الخلية والنسخ المتماثل الكلي عبر أنواع وخلايا متنوعة، وذلك من خلال دمج مشفر تعبير مستند إلى المحولات مع مشفر تلقائي رسومي تبايني وعينات مرتكزة على عوامل النسخ، متفوقاً بذلك على الطرق الحالية في تقييمات المعايير المرجعية.

Hegde, A., Cheng, J.2026-03-11
📄 علم الأحياء النظمية

Blood Biochemical Responses to Acute Exercise: Findings from the Molecular Transducers of Physical Activity Consortium (MoTrPAC)

تستخدم هذه الدراسة التنميط متعدد الأوميات واسع النطاق للبشر الخاملين لتوصيف الاستجابات الجزيئية الزمنية المتميزة والمشتركة في الدم لتمارين التحمل والمقاومة الحادة، مما يكشف عن رؤى جديدة في مسارات الصحة الجهازية مثل التنظيم المناعي، واستقلاب الدهون، وإصلاح الأنسجة.

Robbins, J. M., Katz, D. H., Many, G., Rao, P., Smith, G. R., Tiwari, G., Spielmann, G., Montalvo, S., Iyer, G., Amar, D (…)2026-03-11
📄 علم الأحياء النظمية

Trans-acting Determinants of Gene Expression: Effects of Transcription Factor Affinity, Abundance, and Localization

تُظهر هذه الدراسة بشكل منهجي أن قوة موقع ارتباط المحفز هي المُنظم الأساسي لمستويات التعبير الجيني، يليها توضع وتركيز عوامل النسخ، في حين يتم تحييد تباينات الألفة إلى حد كبير، مما يكشف عن مقايضات أداء رئيسية بين هذه المحددات العاملة عبر (trans-acting determinants).

Lopez-Malo, M., Maerkl, S. J.2026-03-11
📄 علم الأحياء النظمية

Multi-omic responses to acute exercise in abdominal subcutaneous adipose tissue of sedentary adults: findings from MoTrPAC

تستخدم هذه الدراسة التنميط متعدد الأوميات لرسم الاستجابات الجزيئية المتميزة والمحددة زمنياً للأنسجة الدهنية تحت الجلد في منطقة البطن تجاه تمارين التحمل والمقاومة الحادة لدى البالغين الخاملين، مما يكشف عن آليات محددة تشمل تكوين الأوعية الدموية، والتمثيل الغذائي، وإطلاق الإكسيركين التي تدعم الفوائد الصحية الأيضية الناجمة عن ممارسة الرياضة.

Ahn, C., Jin, C. A., Whytock, K. L., Many, G. M., Sagendorf, T. J., Sanford, J. A., Hou, Z., Viggars, M. R., Nie, J., Es (…)2026-03-09
📄 علم الأحياء النظمية

Structured Schemas for LLM-Modeler Collaboration in Quantitative Systems Pharmacology Model Calibration

تقدم الورقة البحثية إطار عمل MAPLE، الذي يستخدم مخططات تحقق مهيكلة لتسهيل التعاون بين النماذج اللغوية الكبيرة والنمذجة البشرية، مما يضمن استخراج بيانات المعايرة لنماذج الصيدلة النظامية الكمية بشكل دقيق، وغني بالمصدر، وقابل للتكرار، مع التخفيف من أخطاء النماذج اللغوية الكبيرة الشائعة مثل الهلوسة.

Eliason, J., Popel, A. S.2026-03-09